Der Verein wurde 1935 unter Pfarrer Karl Alt gegründet. Lange Zeit war der Verein bekannt unter dem Namen „Evangelischer Krankenpflege und Diakonieverein Giesing- Harlaching e.V.“. Zum Gebiet der damaligen Luthergemeinde gehören die Bezirke der heutigen Philippus- und Emmauskirche. Es war eine Zeit, in der die verfasste Kirche nur bedingt in der Lage war, den sozialen Herausforderungen der einzelnen Kirchengemeinden Rechnung zu tragen. Vielerorts entstanden sozialdiakonische Vereine. Neben Verkündigung und Seelsorge soll die Diakonie vor Ort als Ausdruck christlicher Nächstenliebe ein weiteres Standbein der Kirche werden, denn Diakonie heißt helfen.

1986 übernimmt der Verein das Alten- und Service-Zentrum Untergiesing (ASZ) am Kolumbusplatz und drei Jahre später die Wohnanlagenbetreuung der angrenzenden Altenwohnanlage für Menschen mit geringem Einkommen.

2000 kommt das „Netz für Kinder“ in Harlaching dazu, das die Betreuung für Kinder im Alter von zwei und drei Jahren mit Elternbeteiligung anbietet. Aufgrund neuer behördlicher Vorgaben wandelte sich das Netz für Kinder nach acht Jahren in eine Eltern Kind Initiative um und wurde selbstständig.
2001 gibt sich der Verein einen neuen Namen: „Diakonie im Münchner Süden e.V.“
2002 wird der Verein Träger der Kinderkrippe Soyerhofstraße in Harlaching.
Seitdem unterhält der Verein Einrichtungen mit generationsübergreifenden Angeboten für verschiedene Zielgruppen: Das Alten- und Service-Zentrum Untergiesing, die angrenzende Wohnanlagenbetreuung am Kolumbusplatz und die Kinderkrippe Soyerhofstraße in Harlaching.
Lutherkirche: www.lutherkirche-muenchen.de
Emmauskirche: www.emmauskirche.de
Philippuskirche: www.philippuskirche-muenchen.de